인천국제공항고속도로의 통행료는 민간투자법에 의하여 30년 동안의 운영기간 동안에 건설비와 운영비를 회수하는 수준에서 결정되었습니다.
통행료 수입이 건설비 및 운영비에 부족할 경우 국가의 별도 재정지원이 필요하게 되어 고속도로 이용자가 아닌 전체 국민의 부담이 늘어날 수 밖에 없으며, 수익자부담의 원칙을 적용하여 통행료를 산정하였습니다.

당초 도로파손율 및 외국의 차종별 요금계수 등을 고려하여 버스, 화물차 등 대형차량의 통행료가 승용차 대비 3∼5배로 산정되었습니다.
도로의 공익적 기능과 대중교통 이용 장려정책, 물류비용 절감 등을 고려하여 통행료를 대폭 인하하여 승용차 대비 1.7∼2.2배로 결정하였습니다.